Torek, 8. julij 2014. - Skupina raziskovalcev z Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) je sodelovala v mednarodni preiskavi, ki je v človeški mikrobioti (črevesni flori) identificirala 518 novih mikrobakterij.
Raziskava, v kateri so znanstveniki uporabili nov pristop k bioinformatični analizi, je tudi razširila katalog znanih mikrobnih genov s 3 na 10 milijonov.
Rezultati te raziskave, ki jo je v nedeljo objavila revija Nature Biotechnology, so del evropskega projekta MetaHIT (Metagenomics Human Intestinal Tract), obdarjenega z 11, 4 milijona evrov, da bi raziskali, kako se človeški mikrobiom nanaša na zdravje in bolezni . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) je eden od trinajstih, ki sodeluje v tem projektu - in edini španski center - pod vodstvom dr. Francisca Guarnerja, ki je pojasnil, da nimajo vsi preučeni vzorci tega število neznanih vrst.
V vzorcih črevesne flore nekaterih posameznikov je teh vrst zelo malo in ob podrobni analizi so videli, da gre za vzorce bolnikov s Crohnovo boleznijo. "To kaže na to, da so te vrste, doslej neznane, verjetno tiste, ki delajo razliko med mikrobioto zdravih ljudi in bolnimi, " je napovedal Guarner.
Po podatkih raziskovalca ti podatki odpirajo strategije, kako poskusiti te vrste obnoviti s prehranskimi posegi: dajanje vlaken, prebiotikov, ki pomagajo pri selektivni rasti nekaterih vrst ali probiotikov.
Te neznane bakterije so verjetno tako imenovane "dobre bakterije", ker niso tipične, ki povzročajo okužbo, niti niso znane ali osamljene že prej. Po Guarnerjevih besedah odkritih bakterij ni mogoče izolirati, saj "skoraj zagotovo ne bi preživeli zunaj debelega črevesa, da bi jih presadili."
Oseba, zadolžena za delo in raziskovalec skupine VHIR za fiziologijo in prebavno patofiziologijo, je navedel, da nove odkrite vrste "niso obdelovalne, so zelo občutljive na kisik, se pravi, da so zelo strogi anaerobi in vzpostavijo veliko odvisnost od svojega okolja, da bi lahko preživeti. " "Iz istega razloga, ko smo šli v baze podatkov, nismo našli sledi in do zdaj o njih nismo vedeli ničesar, " je dejal Guarner.
Odkritje je bilo mogoče zaradi novega pristopa k bioinformatičnim analizam, ki je tem vrstam omogočil "površje".
"Trenutno - po Guarnerjevih besedah - poznamo le 10% sekvenciranega genskega materiala s 95-odstotno zanesljivostjo. To pušča ogromno sivo območje, na katerem se trenutno dela."
Študija je odkrila 741 različnih metagenomskih vrst, imenovanih zaradi nemožnosti, da bi jim pripisali ime. V nasprotju z bazami podatkov so raziskovalci ugotovili, da je bilo 115 teh vrst že znanih, 518 pa neznanih; preostalih 108 je delno znanih.
"Zdaj vemo, kako izgleda genom teh metagenomskih vrst, ne pa tudi njihovih imen in priimkov, " je pojasnil Guarner.
Majhno je število, katerih vrst ni znanih, vendar njihovega spola ali družine, ki jim pripada, in približno 200 metagenomskih vrst opisanih ni mogoče nikakor razvrstiti, saj več kot 80% njihovih genov popolnoma ne pozna danes
Po mnenju znanstvenikov je mikroorganizmov, ki živijo pri ljudeh, približno 100 milijard, kar je 10-krat več od skupnega števila človeških celic.
Začetni rezultati tega istega projekta so leta 2010 pokazali na 3.300.000 različnih genov, prevedenih v 20.000 različnih funkcij, od katerih je bilo 5.000 popolnoma neznanih do zdaj.
Vsaka oseba ima približno 600.000 teh mikrobnih genov in 300.000 se stalno ponavlja med vsemi posamezniki. "V tej novi raziskavi se število pomnoži s tremi in doseže 9.879.896 različnih genov, " je dejal Guarner.
Vir:
Oznake:
Novice Lepota Zdravje
Raziskava, v kateri so znanstveniki uporabili nov pristop k bioinformatični analizi, je tudi razširila katalog znanih mikrobnih genov s 3 na 10 milijonov.
Rezultati te raziskave, ki jo je v nedeljo objavila revija Nature Biotechnology, so del evropskega projekta MetaHIT (Metagenomics Human Intestinal Tract), obdarjenega z 11, 4 milijona evrov, da bi raziskali, kako se človeški mikrobiom nanaša na zdravje in bolezni . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) je eden od trinajstih, ki sodeluje v tem projektu - in edini španski center - pod vodstvom dr. Francisca Guarnerja, ki je pojasnil, da nimajo vsi preučeni vzorci tega število neznanih vrst.
V vzorcih črevesne flore nekaterih posameznikov je teh vrst zelo malo in ob podrobni analizi so videli, da gre za vzorce bolnikov s Crohnovo boleznijo. "To kaže na to, da so te vrste, doslej neznane, verjetno tiste, ki delajo razliko med mikrobioto zdravih ljudi in bolnimi, " je napovedal Guarner.
"Dobre bakterije"
Po podatkih raziskovalca ti podatki odpirajo strategije, kako poskusiti te vrste obnoviti s prehranskimi posegi: dajanje vlaken, prebiotikov, ki pomagajo pri selektivni rasti nekaterih vrst ali probiotikov.
Te neznane bakterije so verjetno tako imenovane "dobre bakterije", ker niso tipične, ki povzročajo okužbo, niti niso znane ali osamljene že prej. Po Guarnerjevih besedah odkritih bakterij ni mogoče izolirati, saj "skoraj zagotovo ne bi preživeli zunaj debelega črevesa, da bi jih presadili."
Oseba, zadolžena za delo in raziskovalec skupine VHIR za fiziologijo in prebavno patofiziologijo, je navedel, da nove odkrite vrste "niso obdelovalne, so zelo občutljive na kisik, se pravi, da so zelo strogi anaerobi in vzpostavijo veliko odvisnost od svojega okolja, da bi lahko preživeti. " "Iz istega razloga, ko smo šli v baze podatkov, nismo našli sledi in do zdaj o njih nismo vedeli ničesar, " je dejal Guarner.
Različne metagenomske vrste
Odkritje je bilo mogoče zaradi novega pristopa k bioinformatičnim analizam, ki je tem vrstam omogočil "površje".
"Trenutno - po Guarnerjevih besedah - poznamo le 10% sekvenciranega genskega materiala s 95-odstotno zanesljivostjo. To pušča ogromno sivo območje, na katerem se trenutno dela."
Študija je odkrila 741 različnih metagenomskih vrst, imenovanih zaradi nemožnosti, da bi jim pripisali ime. V nasprotju z bazami podatkov so raziskovalci ugotovili, da je bilo 115 teh vrst že znanih, 518 pa neznanih; preostalih 108 je delno znanih.
"Zdaj vemo, kako izgleda genom teh metagenomskih vrst, ne pa tudi njihovih imen in priimkov, " je pojasnil Guarner.
Majhno je število, katerih vrst ni znanih, vendar njihovega spola ali družine, ki jim pripada, in približno 200 metagenomskih vrst opisanih ni mogoče nikakor razvrstiti, saj več kot 80% njihovih genov popolnoma ne pozna danes
Človek ima 600.000 mikrobnih genov
Po mnenju znanstvenikov je mikroorganizmov, ki živijo pri ljudeh, približno 100 milijard, kar je 10-krat več od skupnega števila človeških celic.
Začetni rezultati tega istega projekta so leta 2010 pokazali na 3.300.000 različnih genov, prevedenih v 20.000 različnih funkcij, od katerih je bilo 5.000 popolnoma neznanih do zdaj.
Vsaka oseba ima približno 600.000 teh mikrobnih genov in 300.000 se stalno ponavlja med vsemi posamezniki. "V tej novi raziskavi se število pomnoži s tremi in doseže 9.879.896 različnih genov, " je dejal Guarner.
Vir:
